上海開展營業稅改征增值稅試點前，為解決中國東方航空公司營改增后增值稅計算計算繳納問題，稅務總局與財政部下發了《財政部 國家稅務總局關于中國東方航空公司執行總機構試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法的通知》（財稅[2011]132號），明確在試點期間中國東方航空公司匯總計算總機構及其分支機構的應交增值稅，抵減分支機構已繳納的增值稅和營業稅后解繳入庫。
　　上海航空有限公司是中國東方航空公司的全資子公司，也屬于營改增試點企業。由于中國東方航空公司將上海航空有限公司的經營業務設定為分公司模式進行管理，上海航空有限公司的銷售收入與進項稅額不匹配，無法單獨核算增值稅應納稅額，因此，財稅[2011]132號文只規定了非試點地區分支機構按照現行規定申報繳納增值稅和營業稅。上海市國稅局提出，上航應當并入東航匯總計算應納稅額，以真實反映企業的納稅情況，但財稅[2011]132號文對試點地區的分支機構無需單獨納稅沒有專門條款進行表述，希望能進一步予以明確。
　　此外，由于中國東方航空公司提供的分支機構名單有誤，財稅[2011]132號文的附件2“中國東方航空公司總機構及其分支機構名單”中遺漏了中國東方航空股份有限公司云南分公司和中國東方航空股份有限公司濟南飛行運營基地，上海市國稅局也請總局予以增補。
　　鑒于上述原因，稅務總局制定下發了《國家稅務總局關于中國東方航空股份有限公司增值稅計算繳納有關問題的公告》，對相關問題予以明確。由于本公告是對財稅[2011]132號文的補充，也有利于中國東方航空公司準確計稅，減輕稅收負擔，因此將其執行日期設定為2012年1月1日。